部分药品的特殊性能对喷雾干燥机的保护设计也会提出高要求，利用有机溶剂溶解的物料，在整个干燥过程中要求整个系统须满足防爆要求，并在电机、仪表、控制阀等配件设计中同样需要选择防爆型。为避免溶剂与空气混合成爆炸性气体，喷雾干燥机须采用密闭循环系统，载体需要选择惰性气体。除此之外，对于干燥部分容易氧化的物料，通常需要选择以氮气为载体的密闭循环系统。
       喷雾干燥机的产品为细粒子，容易形成粉尘，为适应环保要求，我们只用目前常规配置的旋风分离器产品，还可加入带式除尘器进行净化，从而让尾气含尘量＜50mg/nm³的气体便可达到相关标准。或者选用湿式洗涤器，将尾气含尘量降到15mg/nm³～35mg/nm³气体。

     热空气在并流操作时为：250℃～500℃，逆流操作时为：200℃～300℃，雾化干燥后出口温度一般控制在60℃～100℃，热利用率较低，这也是喷雾干燥机的一大劣势。
      日前，国内工业规模的喷雾干燥机，热效率通常为30%～50%。国外带有废热回收的喷雾干燥机热效率可达70%，但设备只有在生产能力＞100kg（水）/h时才有经济意义。但在用到氮气载体、有机溶剂时，采用密闭循环系统，可使氮气循环使用，溶剂冷凝套用，从而可有效地降低生产成本。